Koper is in het bezit van de enigste en dus belangrijkste zeehaven van Slovenië. De haven is aangelegd in 1957 en is sindsdien uitgegroeid tot één van de grotere zeehaven van Midden- en Oost-Europa. Jaarlijks wordt er meer dan 15 miljoen ton aan goederen in Koper overgeslagen. Er zijn in de haven verschillende terminals te vinden. Zo is er een grote containerterminal, een terminal voor auto’s en een fruitterminal. De haven van koper staat in verbinding met de Europese binnenlanden doormiddel van verschillende snelwegen en een spoorverbinding.
De haven van Koper wordt tevens gebruikt als cruiseterminal.
