In Pilsen heeft altijd een redelijk grote joodse gemeenschap geleefd. Die hebben ervoor gezorgd dat eind negentiende eeuw de op één na grootste synagoge van Europa (en de op twee na grootste synagoge ter wereld) in Pilsen weggezet is. De grootste synagoge staat in de Hongaarse hoofdstad Boedapest. Bij het uitbreken van de Tweede Wereldoorlog woonden er ongeveer 2000 joden in Pilsen. Omdat de capaciteit van de Grote Synagoge ruim tweeduizend bezoekers is, konden altijd alle joden uit de stad bij een gebedsdienst aanwezig zijn.
Tijdens de Tweede Wereldoorlog is de joodse gemeenschap in Pilsen flink uitgedund. Tijdens de oorlog was de synagoge gesloten. Pas nadat de nazi’s uit Pilsen verdreven waren, werden de diensten weer hervat. Dit duurde tot 1973, omdat de synagoge tijdens het communistische tijdperk in verval is geraakt. De synagoge is vervolgens ruim twintig jaar gesloten geweest. Na een drie jaar durende renovatie is de synagoge op 11 februari 1998 weer heropend. Slechts een klein deel van de synagoge wordt nog gebruikt voor diensten. Dit gebeurt in de wintergebedsruimte. Dat komt omdat er maar weinig capaciteit nodig is tegenwoordig, want de joods gemeenschap in Pilsen bestaat tegenwoordig uit minder dan honderd mensen.
