De Jupitertempel is een van de delen van het paleis van Diocletianus die het best bewaard zijn gebleven. De tempel ligt aan een smal straatje ten westen van het Peristyle. Voor de ingang staat een zwarte granieten sfinx zonder kop, een van de sfinxen die Diocletianus uit Egypte liet overbrengen. Het tongewelf van de tempel is versierd met gebeeldhouwde cassetten, waarin onder meer bloemen en gezichten te zien zijn. Ook de rijk versierde deuromlijsting is bewaard gebleven.
In de vroege middeleeuwen werd de tempel omgebouwd tot een christelijke kerk. Sindsdien doet hij dienst als doopkapel en is hij gewijd aan Johannes de Doper. In de kapel staat een bronzen beeld van Johannes de Doper, gemaakt door de Kroatische beeldhouwer Ivan Meštrović. Daarnaast is er een romaanse doopvont met een reliëf van een Kroatische koning. De tempel is klein en een bezoek duurt niet lang, maar het is een van de mooiste plekken in het paleis.
