De kathedraal van Beja, gewijd aan Santiago Maior, is te vinden vlak bij het kasteel. De huidige kerk werd aan het eind van de zestiende eeuw gebouwd in maniëristische stijl, naar een ontwerp van Jorge Rodrigues, in opdracht van de aartsbisschop van Évora, Teotónio de Bragança. In 1590 werd de kerk ingewijd. Pas in 1946 kreeg ze de status van kathedraal. De binnenzijde van de kathedraal bestaat voornamelijk uit verguld houtsnijwerk en fresco’s. Door de eeuwen heen zijn er verschillende bouwstijlen aan de kathedraal toegevoegd, we herkennen onder andere barokke elementen. Na de aardbeving van 1755 is de kerk hersteld.
