Koper heeft de enige internationale vrachthaven van Slovenië. De haven werd in 1957 opgericht en is uitgegroeid tot een van de belangrijkste havens aan de Adriatische Zee. Ze is een belangrijke toegangspoort voor goederen naar Midden- en Oost-Europa, met spoor- en wegverbindingen naar onder meer Oostenrijk, Hongarije, Tsjechië en Slowakije. In 2024 werd er ongeveer 23 miljoen ton aan goederen overgeslagen.
De haven heeft verschillende gespecialiseerde terminals, onder meer voor containers, auto’s, bulkgoederen, hout, vloeibare lading en fruit. De containerterminal verwerkte in 2024 met ruim 1,1 miljoen standaardcontainers (TEU) een recordaantal. Koper is ook een van de belangrijkste havens aan de Middellandse Zee voor de overslag van auto’s. Daarnaast is er een passagiersterminal waar in het seizoen cruiseschepen aanmeren; de passagiers lopen vandaar in een paar minuten naar het historische centrum. Vanaf de klokkentoren van de kathedraal zie je hoe dicht de haven bij de oude stad ligt.
