Het vliegveld van Faro ligt een paar kilometer ten westen van de stad. Bij aankomst vlieg je eerst over de lagune van de Ria Formosa naast de stad voordat je landt. Het is de belangrijkste luchthaven van de Algarve en vooral gericht op de grote stroom toeristen die in de zomer naar de regio komt. Vanaf Nederland en België zijn er rechtstreekse vluchten.
Op 21 december 1992 vond er op het vliegveld een zware vliegramp plaats met een toestel van Martinair. Bij de landing in slecht weer verongelukte de DC-10; daarbij kwamen 56 mensen om het leven, onder wie veel Nederlandse toeristen. Vanaf het vliegveld is het centrum van Faro met de bus of taxi snel bereikbaar.
