Het Franciscanenklooster ligt direct achter de Pilepoort, aan het begin van de Stradun. Via een smalle doorgang naast de kerk kom je in het klooster. Hier is sinds 1317 een apotheek gevestigd, een van de oudste apotheken van Europa die nog steeds in gebruik is. De oude apotheek met zijn houten kasten, potten en weegschalen brengt je eeuwen terug in de tijd. In de huidige apotheek kun je onder meer crèmes en zalven kopen die volgens oude recepten worden gemaakt.
Bij een bezoek aan het klooster hoort ook een wandeling door de romaanse kloostergang uit de veertiende eeuw. De zuilen zijn bekroond met kapitelen waarop mensen, dieren en planten zijn uitgebeeld, en in het midden ligt een tuin. In het kleine museum zie je kerkelijke voorwerpen, schilderijen en de inventaris van de oude apotheek. Ook de bibliotheek van het klooster heeft een bijzondere collectie oude boeken en handschriften. Het klooster is een rustige plek in de drukke stad.
