Debrecen is een van de belangrijkste universiteitssteden van Hongarije. De Universiteit van Debrecen telt tienduizenden studenten, onder wie veel buitenlandse studenten, vooral in de geneeskunde. De wortels van de universiteit liggen bij het Reformatorisch College van Debrecen, dat in 1538 werd opgericht en eeuwenlang een belangrijk centrum van onderwijs was. In 1912 werd in Debrecen een staatsuniversiteit gesticht, en in 2000 fuseerde die met andere hogescholen tot de huidige universiteit.
De universiteit heeft veel faculteiten, waaronder geneeskunde, natuurwetenschappen, techniek, landbouw en geesteswetenschappen. Het bekendste gebouw is het hoofdgebouw in het park Nagyerdő, een monumentaal neobarok gebouw uit 1932 met een grote binnenplaats en een vijver ervoor. Het gebouw is ook van buiten een bezoek waard en ligt op een korte wandeling van het Aquaticum en het stadion. Het Reformatorisch College staat nog altijd naast de Grote Kerk in het centrum en heeft een museum en een historische bibliotheek.
