Het Nationaal Archeologisch museum van Portugal is gevestigd in de linkervleugel van het Hiëronymietenklooster en is het belangrijkste archeologisch museum van Lissabon. In het museum zijn naast vondsten die in Lissabon en andere delen van Portugal gedaan zijn archeologische vondsten van over de gehele wereld te vinden. Het indrukwekkendste deel van de collectie bestaat uit vondsten het oude Egypte. Deze zijn tijdens één van de vele ontdekkingsreizen van Portugal naar het land toegehaald. Uit de Portugese geschiedenis zijn er ook tal van artefacten te vinden. Zo zijn er bijvoorbeeld Lusitiaanse krijgers te vinden uit de eerste eeuw na Christus. Verder zijn er sieraden en ijzeren kunstvoorwerpen uit de Brons en ijzertijdperk te vinden. Daarnaast staat het museum bekend om zijn Romeinse mozaïeken uit het zuidelijk en het centrale deel van Portugal.
