Middelburg is van oudsher een havenstad, de stad was ten tijde van de Republiek der Zeven Verenigde Nederlanden na Amsterdam de belangrijkste handelsstad van de republiek. De stad was te bevaren via de Sloe die de verbinding was tussen het Veerse Gat en de Westerschelde. Door verzanding in de negentiende eeuw en het bedijken van verschillende schorren werd de Sloe onbevaarbaar. In de tijd dat Middelburg een belangrijke handelsstad was hadden zowel de VOC als de WIC een vestiging in de stad.
De haven van Middelburg wordt tegenwoordig nog uitsluitend gebruikt voor de pleziervaart. De statige huizen uit de VOC-tijd zijn echter nog steeds in de buurt van de haven van Middelburg te vinden. In jachthaven de Arne is ongeveer plaats voor ongeveer 270 bootjes. In het Prins Hendrikdok is door de lage brug alleen plaats voor motorbootjes. Vanuit de jachthaven de Arne kun je via het kanaal van Walcheren naar het Veerse meer of de Westerschelde varen.
