Zutphen ligt aan de IJssel, op de plek waar de Berkel in de rivier uitmondt. De Berkel ontspringt bij Billerbeck in Duitsland en is ongeveer 115 kilometer lang. In de oude stadsmuur staat de Berkelpoort, een middeleeuwse waterpoort over de rivier. Aan de voet van de stadsmuren ligt de Vispoorthaven, met een walmuur met een jaarsteen uit 1732 en het bastion de Bult van Ketjen.
In de Museumhaven aan de Houthaven liggen historische schepen, zoals tjalken, klippers en sleepboten. Veel daarvan zijn monumentale zeilschepen in particulier bezit. In de nieuwe wijk Noorderhaven ligt een jachthaven met 48 ligplaatsen, waarvan een deel voor passanten. Een jachthaven ligt ook in de uiterwaarden bij De Mars. Langs de IJsselkade liggen ligplaatsen voor de beroepsvaart.
