In het midden van de stad aan de Rue du Jaques Rousseau ligt de kathedraal van Annecy. Het is een groot indrukwekkend barok gebouw ooit bedoeld als gebedsplaats voor de monniken van de nabijgelegen franciscaner abdij. Buiten het imposante orgel uit het begin van de 19e eeuw is de kerk vrij sober. Ongewoon voor een kathedraal uit de 17e eeuw, maar niet verwonderlijk als je weet dat de kerk ten tijden van de Franse revolutie werd gebruikt als een tempel voor de rede. In een poging alle invloed van de kerk op de staat uit te roeien werden kerken gesloten en ontdaan van hun heilige versierselen. Veel kerken gingen dienst doen als tempels van de rede. Een cultus van de rede die gebaseerd was op de ideeën van verlichte denkers zoals Voltaire en Rousseau. De laatst genoemde woonde zelfs vlakbij de kerk. Hij kreeg er onderdak nadat hij uit Genève was gevlucht. In de kerk staat een beeld van hem terwijl hij muziekles krijgt. Ook de favoriete heilige van de stad, Francois de Selles heeft hier zijn eigen altaar.
