De Liebfrauen-Überwasserkirche is na de Dom van Münster de oudste kerk van Münster. Hij is gebouwd op de oever van het riviertje de Aa aan het einde van de veertiende eeuw. De kerk is gebouwd op de resten van twee oudere kerken één uit de elfde en één uit de dertiende eeuw. De oudste van deze kerken werd oorspronkelijk als kloosterkerk opgericht. Deze werd tijdens een grote brand verwoest.
Tijdens het bewind van de wederdopers in Münster werd de spits van de huidige toren gesloopt en werden er kanonnen op de toren geplaatst. Tijdens de Tweede Wereldoorlog werd de Liebfrauen-Überwasserkirche zwaar getroffen. Tijdens een bombardement kreeg de kerk een voltreffer en het grootste deel van de kerk werd hierdoor verwoest en de toren brandde uit. De herstelwerkzaamheden hiervan duurde tot 1968. Aan het einde van de vorige eeuw heeft de kerk een grootscheepse renovatie ondergaan.
