Er zijn in Colmar drie treinstations te vinden. Het Gare de Colmar is het grootste en het drukste station van de stad. Het stationsgebouw dateert uit 1907, uit de periode dat de stad bij Duitsland hoorde. Het station is in de voor die tijd typische Pruisische stijl gebouwd. De architecten van het station hebben zich laten inspireren door het centraal station van Gdańsk in Polen. Aan het station van Colmar staat een 36 meter hoge klokkentoren met op de top een windwijzer in de vorm van een stoomlocomotief. Tussen 2005 en 2007 werd naast het historische gebouw een nieuw paviljoen gebouwd. Het stationsgebouw is sinds 1984 een beschermd monument. Op het station in Colmar stopt de TGV uit Parijs en vertrekken er internationale treinen naar Duitsland, Luxemburg en België. De twee andere stations in Colmar zijn Colmar-Saint-Joseph en Colmar-Mésanges.
