Er zijn in Colmar drie treinstations te vinden. Het Gare de Colmar is het grootste en het drukste station van de stad. Het treinstation stamt uit het begin van de twintigste eeuw uit de periode dat de stad bij Duitsland hoorde. Het station is in de voor die tijd typische Pruisische stijl gebouwd. De architecten van het station hebben zich laten inspireren door het treinstation van Gdansk in Polen. Het station van Colmar is namelijk een vereenvoudigde kopie van het station van deze stad. Aan het station van Colmar is een prachtig Belfort gebouwd. Na een grote verbouwing werd het station in 2008 opnieuw geopend en werd er een winkelpromenade bij het station geopend. Op het station in Colmar stopt de TGV uit Parijs en vertrekkenen er internationale treinen naar Duitsland, Luxemburg en België. De twee andere stations in Colmar zijn Gare de Colmar-Saint-Joseph en Gare de Colmar-Tits.
