Het mooiste onderdeel van de kathedraal van Pamplona, is zonder twijfel het 13e-eeuwse klooster. Het klooster is gebouwd in de Franse gotische stijl en rijk gedecoreerd met beeldhouwwerken en kunstwerken. Het wordt nu gezien als een van de mooiste en beste voorbeelden van gotische kloostergangen in Europa. De vierkante kloostergang is zonder twijfel het mooiste onderdeel van de kathedraal en het klooster van Pamplona. Anders dan bij veel andere kloostergangen is deze niet helemaal vierkant, maar is er 1 sectie naar binnen gebouwd. Hier was vroeger het toilet te vinden. In de gang zijn vier deuren te vinden die alle vier rijkelijk versierd zijn. De mooiste deur is de Puerta Preciosa, die toegang geeft tot de oude slaapkamer. Op deze deur en op het timpaan boven de deur, wordt het leven van de Maagd Maria verteld. Ook de Puerta del Refectorio. Puerta del Amparo en de Puerta Arcedinato zijn erg mooi.
