In de voormalige ruimtes van de kanunniken is nu het Bisschoppelijk museum van Pamplona te vinden. De belangrijkste ruimte is een 14e-eeuwse ribgewelfde refter. De aangrenzende keuken is voorzien van een piramidale stenen schoorsteen. In dit museum worden religieuze kunstvoorwerpen tentoongesteld die afkomstig zijn uit de kathedraal van Pamplona en uit kerken in Navarra. Veel van deze kerken zijn gesloten, waarna de schatten naar Pamplona zijn overgebracht. De collectie omvat Romaanse, gotische, renaissance- en barokke beeldhouwwerken, gotische en barokke schilderkunst, en goud- en zilversmeedwerk uit de 13e tot de 18e eeuw. Een van de mooiste voorwerpen is een gotische reliekschrijn van het Heilig Graf, vervaardigd in de 13e eeuw in Parijs.
