Het belangrijkste treinstation van Pisa is het Stazione di Pisa Centrale of het centraal station van Pisa. Tot 2013 waren er twee stations in Pisa maar het station Pisa Aeroporte is per 2013 opgedoekt om plaats te maken voor de Pisamover, een onbemande metro die tussen het station en het vliegveld gaat rijden. Vanaf Pisa vertrekken er treinen naar Rome, Genoa, Florence en Lucca. Pisa is hierdoor de perfecte uitvalsbasis voor verschillende stedentrips in Toscane. Het treinvervoer in Italië is over het algemeen niet duur en goed geregeld. Het is wel verstandig om op tijd naar het station te gaan voor een kaartje want de wachtrijen kunnen soms erg lang zijn.
